Conquista y Virreinato
Después de la caída de México-Tenochtitlan en 1521, los españoles comenzaron a expandir su conquista al interior y al norte del país, surgiendo la Nueva España bajo el virreinato, es decir, una forma de gobierno a cargo del virrey que se encargaría de administrar todo el territorio (desde Nuevo México, Estados Unidos, hasta el sur de nuestro país), en representación del rey de España.
En Guanajuato, poco a poco se empezaron a fundar diversas poblaciones como Celaya (1571) y León (1576). El centro y sur de Guanajuato se constituyó como un importante centro agrícola. San Miguel de Allende se distinguió por su producción de lana; Celaya y Salamanca por sus tejidos de algodón; León por sus artículos de piel, y la ciudad de Guanajuato por la producción de plata.
Gracias a su riqueza, se construyeron edificios públicos y religiosos, como la Alhóndiga de Granaditas y la iglesia de San Cayetano. La mezcla de indígenas, españoles y esclavos africanos originó una sociedad y cultura mestiza.
Hacia finales del Virreinato hubo inconformidad por la desigualdad social, sobre todo entre los criollos (hijos de españoles nacidos en América), pues no participaban en el gobierno. Las ideas de libertad empezaron a platicarse en algunos grupos, por ello se organizaron y planearon cierta autonomía frente a España. El 16 de septiembre de 1810, Miguel Hidalgo y Costilla inició el movimiento de Independencia en el poblado de Dolores Hidalgo. Los primeros insurgentes recorrieron buena parte del territorio de Guanajuato; sin embargo, aunque no lograron ver los resultados de su movimiento, éste triunfó en 1821 con la independencia de Nueva España, surgiendo la nación mexicana.